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研究人员使用RNA-Seq来了解加勒比珊瑚礁珊瑚的漂
行业新闻 2018-12-25 17:51

  杉米生物科技(上海)有限公司出品的单细胞测序样本制备仪,基于Drop-seq技术*,完成高通量的单细胞mRNA 3’端测序。

  气候变化驱动的珊瑚疾病爆发导致珊瑚种群普遍减少。早期关于珊瑚基因组学的研究表明,珊瑚具有复杂的先天免疫系统,全转录组基因表达研究揭示了珊瑚免疫系统对压力和疾病的反应机制。

  本研究扩展了可用于研究珊瑚分子生理学的生物信息学数据,通过汇编和注释加勒比珊瑚礁珊瑚Orbicella faveolata的参考转录组。由圣路易斯华盛顿大学的研究人员领导的一个小组 在2010年波多黎各的温水热异常,珊瑚褪色事件和加勒比黄带病爆发期间收集样本。

  在本研究中取样的菌落的代表性图像。

研究人员使用RNA-Seq来了解加勒比珊瑚礁珊瑚的漂白情况

  (A)无症状。

  (B)加勒比黄带病。

  (C)部分漂白的菌落。

  (D)完全漂白的菌落。

  (E)加勒比黄带病和漂白。

  E. Weil的照片。

  Illumina GAIIx平台上的RNA的多重测序和Trinity的从头转录组装配分别产生70,745,177个原始短序列读数和32,463个O. faveolata转录物。参考转录组用基因本体注释,映射到KEGG途径,并产生预测的20,488个序列的蛋白质组。研究了跨越Phyla调节先天免疫所必需的蛋白质家族和信号通路。该结果用于开发进化上保守的Wnt,Notch,Rig样受体,Nod样受体和Dicer信号传导的模型。

  O. faveolata转录组中Wnt样蛋白序列的系统发育分析

研究人员使用RNA-Seq来了解加勒比珊瑚礁珊瑚的漂白情况

  来自N.vectensis(Nvec),O。faveolata(Ofav),A.pallida(Apall),A。digitifera(Adig)和A.millepora的预测蛋白质序列用于具有100个引导的最大似然系统发育估计。

  O. faveolata是一种珊瑚物种,已在气候驱动的压力和疾病下广泛研究,目前的研究提供了推定调节其免疫系统的基因的新数据。

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