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人类转录组中长的非编码RNA的景观
行业新闻 2019-01-04 10:26

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系统,这是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成,能全面对接Illumina测序仪。

  长的非编码RNA(lncRNA)正在成为组织生理学和疾病过程(包括癌症)的重要调节剂。为了描绘全基因组lncRNA表达,密歇根大学的研究人员从来自25项独立研究的超过43 Tb序列的肿瘤,正常组织和细胞系中策划了7,256个RNA测序(RNA-seq)文库。他们将ab initio装配方法应用于该数据集,产生了91,013个表达基因的共有人转录组。

  

转录组测序

 

  超过68%(58,648)的基因被分类为lncRNAs,其中79%以前未被注释。大约1%(597)的lncRNA含有超保守的元素,7%(3,900)与疾病相关的SNP重叠。为了优先考虑谱系特异性,疾病相关的lncRNA表达,研究人员采用非参数差异表达测试并提名7,942个谱系或癌症相关的lncRNA基因。这里描述的lncRNA景观可以阐明正常生物学和癌症发病机理,并且可能对未来的生物标志物开发有价值。

  

转录组测序

 

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